共青团甘肃畜牧工程职业技术学院委员会，下设办公室、组织部、宣传部、双创与素质拓展部、实践部、学生社团管理部，设书记1名，副书记1名、学生副书记1名。下辖畜牧科技学院团总支、兽医科技学院团总支、农机与汽车学院团总支、机械工程学院团总支、智能与信息学院团总支、食品科技学院团总支、经贸与人文学院团总支，宠物科技学院团总支，共8个团总支。

负责学院共青团和业余团校工作；负责团组织建设和对基层团组织的指导管理；负责学生社团工作；负责团干部的教育、培养和团干部队伍建设；负责团员的行为规范教育和奖惩工作；负责团费的收缴和管理；负责制订团委活动及经费计划；负责学生刊物的监督和管理；负责全院性的学生第二课堂素质教育活动。完成学院党委、行政党政交办的其他工作。