共青团甘肃畜牧工程职业技术学院委员会，下设办公室、组织部、宣传部、活动服务部、社会实践部、社团管理部等职能部门，设书记1名，副书记1名、学生副书记2名。下辖畜牧科技学院团委、兽医科技学院团委、宠物科技学院团委、食品科技学院团委、机械工程学院团委、农机与汽车学院团委、智能与信息学院团委、经贸与人文学院团委共8个二级学院团委，另设“一站式”学生社区团工委和中专部团支部。

 负责学校共青团和业余团校工作；负责团组织建设和对基层团组织的指导管理；负责学生社团工作；负责团干部的教育、培养和团干部队伍建设；负责团员的行为规范教育和奖惩工作；负责团费的收缴和管理；负责制订学生第二课堂素质教育活动及经费计划；负责学生刊物的监督和管理；完成学校党委、行政交办的其他工作。